Untuk ke sekian kalinya, antrean truk terjadi lagi di pelabuhan penyeberangan Merak. Antrean tidak hanya terjadi di kawasan pelabuhan, namun sampai ke jalan tol Merak. Panjang antrean pada kejadian di bulan Juli 2012 ini pernah mencapai 16,25 KM (Kompas, 8 Juli 2012).
Akibat kejadian tersebut, Organda mengklaim bahwa ada 2.000 truk yang tertahan di Pelabuhan Merak 1-3 hari yang menyebakan biaya operasional menggelumbung hingga menyebabkan kerugian Rp 1,8 miliar per hari (Bisnis Indonesia, 8 Juli 2012).
Secara umum, masalah antrean yang berulang kali terjadi itu disebabkan oleh pertumbuhan atau pertambahan volume kendaraan yang tidak diimbangi oleh fasilitas/infrastruktur. Fasilitas dan infrastruktur tersebut terutama sebagai berikut:
1. Dermaga Pelabuhan
Dermaga pelabuhan menjadi fasilitas penting dalam proses penyeberangan. Namun, pada saat ini jumlah/kondisi dermaga di Pelabuhan Merak masih menjadi persoalan. Menteri BUMN Dahlan Iskan mengungkapkan bahwa antrean panjang arus kendaraan disebabkan oleh Dermaga II Pelabuhan Merak belum dapat dioperasikan akibat pengerjaannya terkendala teknis (Bisnis Indonesia, 11 Juli 2012).
2. Kapal Penyeberangan
Jumlah kapal yang beroperasi tidak memadai dibandingkan kebutuhan. Jumlah kapal yang beroperasi adalah total kapal yang ada dikurangi dengan jumlah kapal yang sedang menjalani perawatan (maintenance).
Manajemen Pelabuhan perlu lebih memperhatikan lagi jadwal perawatan kapal sesuai dengan jumlah dan fluktuasi kebutuhan operasional.